計算環境について

ログイン方法

コンテスト応募者に対して,ログイン方法を個別に連絡します.

コンパイル時の注意点

OpenMPIを利用しますので,下記のようにPATHを設定して下さい.

$ export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH

ジョブのサブミットファイルについて

ジョブ管理システムにはXBS(旧名称Xqsub)とPBSが利用できます.XBSについては下記のサイトを参考にして下さい.

PBSを利用する場合,下記の文字列を適当なファイル名(ここではtest.sh)でコピーします.下記の赤字の箇所を変更して下さい.

#PBS -l nodes=1
EXE=/home/username/a.out
RUN=/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun
NP=2
$RUN -np $NP -hostfile $PBS_NODEFILE $EXE
  • 1行目の"PBS -l nodes="に利用するノード数を指定して下さい
  • 2行目の変数EXEに実行ファイルのパスを指定して下さい
  • 4行目の変数NPに実行するプロセス数を指定して下さい

下記のコマンドでジョブを投入します.

$ qsub test.sh

ジョブ管理コマンドについて

PBSが提供しているジョブ管理コマンドを説明します.

$ qstat -u (ユーザ名)

現在のジョブの情報がわかります.

$ qdel (ジョブID)

指定したジョブを消すことができます.ジョブIDはqstatコマンドから取得できます.

その他のPBSについての情報は下記のサイトが詳しいです.